Por medio de la web oficial para el anime Shin Sakura Taisen the Animation se anunció que la serie tendrá un total de 12 episodios. El anime se estrenó este 3 de abril a través de Tokyo MX a las 10:00 p.m.
Manabu Ono dirige en el anime en los estudios de Sanzigen y junto a él se encuentra Tatsuhiko Urahata como guionista. Anteriormente ambos ya habían trabajado juntos en el anime de Kyōkai Senjō no Horizon. Kōhei Tanaka es el compositor para la música del anime y también compuso gran parte de la música de la franquicia del juego.
El elenco principal, que será el mismo que en el juego, ya había sido previamente anunciado.
El protagonista es Seijuro Kamiyama y la historia se centra en su vida mientras lidera la Nueva Fuerza de Asalto Imperial. Kouma aparece de nuevo en la capital y las Fuerzas de Asalto se crean en todas las ciudades del mundo.